第二章では、表向きはNPO団体「子供たちを危険から守る会」代表だが裏の顔をもち、前作の敵たちを上回る最恐の男としてファブルの前に立ちはだかる宇津帆（堤真一）が暗躍。すご腕の殺し屋・鈴木（安藤政信）と、弟を殺した因縁の敵・ファブルへの復讐に燃える。一方、アキラは過去の事件で救えなかった車椅子の少女・ヒナコ（平手友梨奈）と再会し、想像もつかぬ大騒動へと発展していく。